軟考信息系統(tǒng)運行管理員兩個科目的滿分均為75分，合格標準為滿分的60%，也就是說軟考信息系統(tǒng)運行管理員兩個科目都要考45分及以上才算過。

根據人力資源社會保障部辦公廳發(fā)布的《關于33項專業(yè)技術人員職業(yè)資格考試實行相對固定合格標準有關事項的通告》，自2022年度起，計算機軟考考試各級別、各專業(yè)、各科目合格標準為試卷滿分的60%。軟考信息系統(tǒng)運行管理員兩個科目滿分均為75分，即45分算及格。

軟考信息系統(tǒng)運行管理員成績只在當次有效，單科成績不予保留。如果在一次考試中只有單科成績及格的，成績不能保留到下次考試時使用，考生需要在一次考試中通過全部科目才算通過考試。

若考生對考試成績有異議，應在成績公布后的規(guī)定時間內申請成績復查，逾期不予受理。

申請成績復查的考生應在規(guī)定時間內填寫《成績復查申請表》，其中寫明要求復查的理由。并將親簽的《成績復查申請表》、身份證掃描成PDF格式（PDF文件名需為考生姓名+身份證號命名），提交至當地省軟考辦的指定賬戶。省軟考辦將對申請材料進行審核，審核通過后，考生將《成績復查申請表》原件、身份證復印件遞交（或快遞）至省軟考辦。省軟考辦統(tǒng)一匯總至工業(yè)和信息化部教育與考試中心復查。

另外軟考信息系統(tǒng)運行管理員還有單獨劃線一說，在實行軟考單獨劃線地區(qū)，低于45分也能拿到證書。單獨劃線需要主動申請，待申請結束后經研究發(fā)布單獨劃線地區(qū)合格標準。單獨劃線地區(qū)范圍：國家鄉(xiāng)村振興重點幫扶縣、西藏自治區(qū)、四省涉藏州縣、新疆維吾爾自治區(qū)南疆四地州、甘肅臨夏州、四川涼山州、樂山市峨邊縣、馬邊縣及金口河區(qū)。

此外有些省份為了適應本地區(qū)的情況，還會設定省級分數線。目前僅有青海還有省線，通過省線取得的軟考證書僅能在省內使用。